Le scénario de cet opus se déroule 11 ans après la troisième guerre du « Tiberium ». Le joueur sera placé dans la peau de Ricardo Vega, un ancien soldat du GDI commandant de troupes nommées R.A.I.D. (Rapid Assault and Intercept Deployment). Pour vous aider dans votre tâche, vous pourrez compter sur le support de l'artillerie mais aussi sur quelques véhicules que vous rencontrerez sur le champ de bataille.