Tom Clancy’s Ghost Recon Advanced Warfighter 2 fait suite aux évènements évoqués dans le premier opus et met les joueurs dans la peau des Ghosts, unités d’élites de l’armée américaine. En 2014, le conflit qui oppose les loyalistes mexicains aux forces rebelles a plongé le Mexique dans une guerre civile totale. Sous l’égide du Capitaine Scott Mitchell, les Ghosts interviennent pour prévenir une menace imminente envers les États-Unis. Le destin des deux pays est désormais entre leurs mains. Équipés de la toute dernière technologie en matière d’armement, les Ghosts doivent combattre des deux côtés de la frontière afin de neutraliser la menace rebelle grandissante.