Dans cet opus, vous incarnerez Michael Becket, un membre des « Delta Force » de l'armée américaine. Vous vous rendez dans la résidence de Geneviève Aristide, pour tenter d'élucider le mystère qui l'entoure, et qui émane du premier jeu. Le scénario commence un peu avant la fin de F.E.A.R : une escouade des forces spéciales effectue une mission de routine lorsque la ville d’Auburn est secouée par une explosion surnaturelle. Alma a libéré sa colère sur la cité…

En ce qui concerne le jeu lui même, les développeurs affirment avoir écouté la communauté et affichent la volonté de créer de nouveaux environnements, avec une chance que certains soient en extérieur et des ennemis plus variés que précédemment.

DooM in the Dark