Le scénario de Red Faction : Guerrilla prend habilement la suite du deuxième opus. Dans ce dernier vous deviez lutter contre l'Ultor Corporation qui avait mis la main sur Mars et c'est les forces de l'EDF (pour Earth Defense Force) qui étaient venues vous prêter main forte. Après cette victoire, l'EDF s'est imposé comme une force protectrice des colons. Mais l'EDF a pris la place d'Ultor dans le contrôle de la planète, de ses ressources et de ses habitants en moins d'un demi-siècle. Avec la main-mise sur toute les activités économiques de Mars, et en particulier les ressources minières, l'EDF a vite oublié la Terre et son économie pour s'implanter sur Mars et tenir la planète d'une main de fer. De protecteur, l'EDF est devenu dominateur et une petite faction armée s'est donnée pour mission de repousser l'EDF hors de Mars.

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