Dans une entrevue accorée à IGN, Jon Chey, chef de projet chez Irrational Games, affirme si tant est qu'il fallait le faire, que BioShock sera bel et bien un shooter. Alors que System Shock était un FPS tenté d'éléments de RPG, Jon Chey décrit BioShock comme un FPS « profond ».
Il explique que sans être un jeu totalement libre, BioShock offre un gameplay qui n'est pas linéaire. L'élément fondateur du FPS est respecté : je vais d'une pièce A à une pièce B par un couloir et dans ces deux pièces je tue du monstre. Or, là ou le jeu innove, c'est dans la possibilité d'aller de la pièce A à la pièce B par différents endroits, et le fait de pouvoir faire interagir les pièce entre-elles. Ainsi, dans BioShock vous n'êtes pas un héros boosté aux amphétamines ; si un combat tourne mal entre vous et un Big Daddy, vous devrez fuir. Si ce dernier vous suit, vous avez la possibilité de hacker une tourelle de défense et la tourner contre lui pour l'occuper un moment le temps de trouver des munitions pour vos armes ou tout simplement échapper à votre poursuivant.

Dans le même ordre d'idées, Jon Chey explique que pour créer un jeu moins linéaire, Irrational à sacrifié un peu les éléments narratifs du jeu.
BioShock est un mélange d'une expérience linéaire (le jeu contient certains scripts), de possibilités facultatives d'exploration et d'éléments narratifs qui varient en fonction des choix que vous faites dans le jeu. Dans une certaine mesure, le joueur peut choisir la quantité d'exposition qu'il souhaite à la structure narrative du jeu. Si vous voulez errer, rassembler des journaux intimes laissés par les habitants de Rapture vous pouvez. Et cela aidera le joueur à s'intégrer dans l'histoire du jeu et certainement lui donner des conseils pour trouver des bonus cachés. Ainsi, dans BioShock le degré d'implication dans le scénario est laissé à la charge du joueur, s'il veut avancer et tuer, il peut, mais s'il veut tout comprendre des ficèles qui régissent le monde dans lequel il évolue, il sera forcé de s'intégrer au scénario. Cet aspect reprend un peu le système qu'on avait pu expérimenter dans F.E.A.R. qui laissait le choix au joueur d'écouter -ou non- les messages laissés sur les différents répondeurs qui parsemaient les niveaux.