Vous êtes un jeune agent nommé James Clayton, recruté par la CIA pour une mission secrète. En effet, le programme destructeur Ice Nine vient d'être dérobé. Une fois le briefing de chaque niveau reçu, de multiples armes pourront être utilisées pour réussir vos objectifs : fusil à lunette, grenades, mitraillette, roquettes, fusil à pompe, etc.

L'histoire du jeu est basée sur le film La Recrue (Le Nouvel Agent au Québec) avec Al Pacino et Colin Farell. Le jeu aurait dû sortir en même temps que le film, mais ça ne s'est pas fait.

À l'origine, Ice Nine devait aussi sortir sur PS2. Des captures d'écran de cette version sont visibles après celles de la version GBA.