Le jeu prend place après les évènements de Ghost Recon 2, en 2013. Le joueur endosse le rôle du Capitaine Scott Mitchell, à la tête des "Ghosts", et doit prendre part à une bataille contre les rebelles mexicains en plein cœur de Mexico. Les Ghosts défendent le territoire américain contre les attaques frontalières, et se battent dans des endroits inédits. Les Ghosts combattent leurs ennemis en montagne, dans le désert et même sur leur propre territoire, à El Paso au Texas.

L'intégralité du jeu se déroule en l'espace de deux jours. L'histoire débute alors qu'un avion-espion américain transportant le Guardrail IX, un système capable de mettre hors service les communications radios, est abattu au-dessus du Nicaragua. Le renseignement américain découvre que le Guardrail IX est sur le point d'être acheté par une faction rebelle à Mexico; les Ghosts sont donc envoyés pour le récupérer.

Post Scriptum