Crysis se déroule en partie dans un univers similaire à celui de Far Cry (c'est à dire des îles paradisiaques) et les mécanismes de jeu sont identiques : une carte immense, une liberté d'action, des véhicules, des graphismes et de la physique qui servent le gameplay.

On incarne Nomad, membre d’un commando d’élite des Etats-Unis de l’an 2020. Infiltré sur une île tropicale des Philippines avec ses camarades, il doit délivrer une équipe d’archéologues des mains d’une armée d’affreux communistes Nord-coréens. Mais ce qu’il ne sait pas, c’est que la découverte qui a suscité le vif intérêt de ces derniers est liée à une civilisation de méchants aliens belliqueux venus d’une autre galaxie. Heureusement, il est vêtu d’une nano-combinaison qui le protège très bien (même si elle lui sert fortement les roubignoles). Il peut donc partir tranquillement à l’aventure.