Le jeu est un prélude à Metal Gear Solid V : The Phantom Pain. L'action du jeu se déroule en 1975, neuf ans avant les événements qui suivront dans The Phantom Pain. L’intrigue nous emmène au cœur d’une base militaire située à Cuba dans laquelle vous devrez secourir deux de vos acolytes, Paz Ortega, dont on ne sait plus trop de qui elle est l'alliée à force de trahir tout le monde et un dénommé Chico qui s'en est amouraché et qui s'est fait capturer en tentant de la sauver — ce qui parait normal quand on a environ douze ans et qu'on veut prendre d'assaut une base militaire américaine.