Deus est la suite du simulateur de survie Robinson’s Requiem. En l'an 2165, l'Alien Worlds Exploration (AWE), une organisation militaire fondée dans le but d'explorer des planètes inconnues, détient tous les pouvoirs. Usant de ses pouvoirs, l'AWE décide de lancer une campagne afin de dénicher et d'éliminer les criminels les plus dangereux : le DEUS. Ce terme est la contraction de "Defend Us!" ("Défendez-nous !"), slogan publicitaire visant à recruter des « Robinson » possible.

Vous reprenez le rôle de Trepliev1, héros de Robinson’s Requiem et devenu chasseur de prime pour le compte de l’AWE. Votre mission est de trouver la base secrète d’un groupe de terroristes appelé les « New Crusaders ». Des archives dénichées à Levattelow vous apprennent que le terroriste répondant au nom de Diogenes49 était autrefois un Robinson et qu'il a découvert la planète Alcibiade. Vous décidez de vous rendre sur place le plus discrètement possible...