
Le premier jeu, Deus Ex nous a offert prés de trois fins différentes et c'est ainsi que Deus Ex: Invisible War mélange ces trois fins afin de donner une suite logique au second volet.
Ce jeu devrait vous offrir plus de liberté d'actions, il existe de nombreuses factions avec notamment les "WTO" et les "orders" (faction religieuse). Tous essayent de vous enrôler pour combattre leurs ennemis à l'aide de vos capacités. Plus tard vous choisirez quel parti prendre ce qui influencera sur le reste du jeu (confiance de certains, méfiance des autres).