Vous êtes un hacker en 2072. Alors que vous tentiez d'infiltrer le système informatique d'une gigantesque corporation, TriOptimum, vous êtes appréhendé et transporté à la station spatiale Citadel appartenant à TriOptimum. Un dirigeant haut-placé de TriOptimum, Edward Diego, vous offre de laisser tomber les charges qui pèsent contre vous et de vous implanter une interface neurologique si vous hackez l'intelligence artificielle centrale de la station Citadel, SHODAN, pour en donner l'accès à Diego qui aurait alors un pouvoir complet sur la station.

Vous acceptez. L'opération pour vous implanter l'interface neurologique, qui vous permet d'accéder au cyberespace, est effectuée et vous entrez dans un coma artificiel de 6 mois pour vous remettre de l'opération.

Quand vous vous réveillez, le secteur hospitalier est désert. Vous réalisez rapidement que quelque chose de terrible s'est produit pendant votre coma. En donnant l'accès complet à Diego, vous avez enlevé toutes les contraintes éthiques programmées dans l'intelligence artificielle SHODAN, qui a ré-examiné ses priorités et a décidé de prendre elle-même le contrôle de la station. Votre mission : désactiver SHODAN avant qu'elle n'atteigne la Terre.

---

Une version "Enhanced Edition" du jeu est sortie fin 2015, soit plus de 20 ans après la sortie initiale. Elle est basée sur la version CD du jeu, et comporte quelques ajouts pour la moderniser. La gestion des contrôles est ainsi plus poussée, les résolutions sont un peu plus élevées à l'origine et l'audio est retravaillé.