À la fin de Half-Life 2 : Episode Two, Gordon et Alyx regardent une vidéo enregistrée par Judith Mossman, une scientifique qui travaille aux côtés de Eli Vance et de la résistance. Mossman rapporte la découverte d'un cargo perdu, le Borealis, lequel est supposé transporter une nouvelle technologie développée par un laboratoire mystérieux mieux connu sous le nom de Aperture Science et grand rival de Black Mesa.

Half-Life-2 : Episode 3 a été mis en pause quand Valve Software a décidé d'abandonner le modèle épisodique à la fin de l'année 2007, juste après la sortie de l'épisode 2.

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