L'histoire se déroule 20 ans après une catastrophe économique nommée "Great Collapse", différentes factions se forment et ont toutes un avis différent sur la manière de reconstruire. Il y a deux faction principales :

• "The WTO" est concerné par le développement économique et a mis en place un système de charte pour les villes/états naissant partout dans le monde.
• "The Order Church" utilise la sagesse de la religion pour rétablir l'équilibre entre l'humanité et l'ordre normal.

D'autres factions sont aussi présentes, mais ne jouent pas un rôle important dès le début du jeu, cependant elles vont vite se développer et vous devrez donc y faire attention un peu plus tard.
Certaines de ces factions ont des visions extrêmistes, comme :"Tarsus Academy" (sorte d'Académie de scientifiques qui cherche à éduquer le monde en lui injectant des biocules) ou alors comme cette autre faction basée sur une incarnation futuriste des chevaliers et cherchant à préserver la sainteté du corps humain.

Suite à Deus Ex, un des meilleurs FPS de tout les temps, Deus Ex 2 : Invisible War a été gâché par un développement multi-plateforme. Niveaux linéaires, IA débile, histoire poussive, durée de vie ridicule.